病気で長く休んだら、公務員の給料はどうなる？「病気休暇」と「休職」の給与を条文で確かめる

公開 2026年9月17日

病院で診断書を渡された。
「3か月の自宅療養を要する」。
帰り道、頭の中はお金のことでいっぱいになります。

来月の給料は出るのか。
3か月で治らなかったらどうなるのか。
住宅ローンや子どもの学費は払っていけるのか。

公務員が病気やけがで長く休むとき、給料は段階を追って変わっていきます。
最初は「病気休暇」で満額、長引けば「休職」で8割、さらに長引けば給料は止まり、共済の手当金に切り替わります。
この記事では、その流れを時期ごとに、条文で確かめていきます。

※本サイトでいう「公務員」には、独立行政法人・国立大学法人・日本銀行・日本年金機構等の職員（いわゆる準公務員）も含みます。
副業・兼業規定が国家公務員法・地方公務員法に準拠、または類似している職種を主な対象としています。

この記事の結論

まず全体の流れを見る

最初に、時期ごとの変わり方を1枚の表にしておきます。
国家公務員が、仕事とは関係のない病気（結核以外）で長く休んだ場合です。

ポイントは、給料と手当金が「どちらか多いほう」になるようにできていることです。
給料が十分に出ている間は手当金は出ず、給料が減ると手当金がその分を補います。
ここから、1段ずつ中身を見ていきます。

病気休暇｜最初の90日は給料が減らない

病気やけがで療養が必要なとき、最初に使うのが病気休暇です（勤務時間法18条）。
年次休暇（有休）とは別の休暇で、要件に当たれば職場は承認しなければならない決まりです（人事院規則15-14 25条）。

給料はそのまま出る

給与法は、働かなかった時間の分を給料から差し引くと定めています。
ただし「休暇による場合」は差し引きの対象から外れています（給与法15条）。
病気休暇は休暇なので、休んでいる間も給料は満額です。

使えるのは原則として連続90日まで

仕事と関係のない病気やけがの病気休暇は、連続して90日を超えることはできません（人事院規則15-14 21条1項）。
90日の数え方からは、人事院が決めた日が除かれます。
一方で、仕事や通勤が原因のけがや病気は、この90日の枠に入りません。

もう一つ、給料の側にも90日の区切りがあります。
病気休暇が始まった日から90日を超えて続けて休んでいると、その先の病気休暇の日は俸給が半分になります（給与法附則6項）。
場合によってはこの区切りが1年になります。
90日が近づいてきたら、この先どうなるかを人事担当に聞いておくと安心です。

休職｜1年目は8割、その先は無給

90日で治らず、まだ長く休む必要があるとき。
次に出てくるのが「休職」です。
心身の故障で長く休養が必要なときは、休職にできると決まっています（国家公務員法79条1号）。

休職になっても、公務員の身分はそのまま残ります。
仕事はしません。
そして給料は、給与法に書いてある分しか出ない決まりです。

休職中にいくら出るか

給与法は、休職の理由ごとに出せる給与を分けています。

80%の対象になるのは、俸給・扶養手当・地域手当・広域異動手当・研究員調整手当・住居手当・期末手当です。
通勤手当や勤勉手当は、この並びに入っていません。
休職者には、ここに並んだもの以外の給与は出ません（23条6項）。

注意したいのは、条文の言い方が「支給することができる」になっている点です。
「必ず80%」ではなく、「80%まで出せる」という書き方です。
自分がどう扱われるかは、休職の辞令が出るときに確かめてください。

1年を過ぎると、給料は止まる

結核以外の病気なら、80%が出るのは休職から満1年までです。
その先は、休職が続いていても給料は出ません。
ここで生活を支えるのが、次に見る共済の傷病手当金です。

休職は最長3年

病気による休職の期間は、休養が必要な程度に応じて、3年を超えない範囲で決められます（人事院規則11-4 5条1項）。
最初に短く決めて、3年に達するまで延ばしていくこともできます。
途中で回復すれば、すぐに復職させる決まりです。

共済の傷病手当金｜給料の減った分を埋める

共済組合には、病気やけがで働けない組合員のための傷病手当金があります（国家公務員共済組合法66条）。

給料との関係

傷病手当金は、給料が出ている日には調整されます。
受け取る給料が手当金の額以上ならその日の手当金はゼロ、給料のほうが少なければ差額だけが出ます（国家公務員共済組合法施行令11条の4）。

給料が満額出る病気休暇の間も、給料が手当金の額以上なら手当金は出ません。
休職で給料が80%に下がると、手当金の額によっては差額が出ることがあります。
給料が止まる休職2年目からは、通算1年6か月の範囲で手当金がまるごと出ます。

1年6か月の数え方

1年6か月は「通算」で数えます。
給料が多くて手当金がまったく出ない日から始まっている場合は、実際に手当金が出始めた日から数えると書かれています（66条4項）。
給料が一部出た日の数え方など細かい点は、所属の共済組合に確かめてください。

逆に言うと、休職が3年続く場合、手当金だけでは最後までは届きません。
休職の期間と手当金の期間は、別々に進むものとして考えておく必要があります。

退職金にも影響する

見落としやすいのが、退職金への影響です。
退職金は、勤めた期間の長さで計算されます。
ここで、休職していた月の扱いが決まっています。

1日も職務につかなかった休職の月は、その月数の半分が、勤めた期間から差し引かれます（国家公務員退職手当法7条4項）。
たとえば休職の月が12か月あれば、6か月分が短くなる計算です。
ただし、仕事や通勤が原因の病気やけがによる休職は、この差し引きの対象から外れています。

退職金には、勤めた期間のほかに「調整額」という上乗せもあり、ここでも休職の月は扱いが変わります。
公務員の退職金、支給率だけでは決まらない？で詳しく扱っています。

回復しないまま3年がたったら

少し重い話ですが、知っておいたほうが落ち着いて考えられるので書いておきます。

国家公務員法は、心身の故障のため職務の遂行に支障がある、または職務に堪えない場合に、本人の意に反して降任や免職ができると定めています（78条2号）。
ただし、その条件は厳しく決められています。
任命権者が指定した医師2名が、長い療養が必要、または療養しても治りにくいと診断し、そのために職務に支障があることが明らかな場合です（人事院規則11-4 7条3項）。

退職することになった場合でも、共済の傷病手当金がすぐに切れるとは限りません。
1年以上組合員だった人が、退職のときに手当金を受けていれば、退職しなかったら受けられたはずの期間、続けて支給されます（国家公務員共済組合法66条5項）。
ほかの共済組合に入った場合は、この続きの支給はありません。

地方公務員は？

市役所や県庁、消防、都道府県警察、公立学校の職員も、病気で長く休養が必要なときは休職にできます（地方公務員法28条2項1号）。
ただし、休職の期間や給料の扱いは条例で決めることになっています（28条3項）。

実際の条例を1つ見てみます。
新潟県の給与条例は、休職中の給与を次のように決めています（38条）。

大きな形は国と同じですが、結核性の病気の扱いがはっきり違います。
寒冷地手当が入っているのも、地域の事情が出ているところです。
自治体によって違いが出るのは、こういう細部です。

自分の自治体を調べるときは、例規集で職員の給与条例を開き、「休職者の給与」の条を探してください。
病気休暇の日数や、長引いたときの給料の扱いは、給与条例とは別の条例や規則に書かれていることがあります。
共済の傷病手当金は、地方も国と同じ形です（地方公務員等共済組合法68条・71条）。

自衛官は？

自衛官を含む防衛省の職員は特別職で（国家公務員法2条3項16号）、別の法律で決まっています。
心身の故障で長い休養が必要なときに休職にできる点は同じです（自衛隊法43条1号）。

休職中の給与も、国の一般職と同じ形でした（防衛省職員給与法23条）。
仕事や通勤が原因なら全額、結核性の病気なら満2年まで80%、それ以外は満1年まで80%です。
80%の対象に営外手当が入っているのが、自衛官らしい違いです。

病気休暇の日数と、傷病手当金の扱いは、今回確かめきれませんでした。
書いていないことを推測で埋めるのはやめておきます。
部隊の人事担当と、所属の共済組合に確かめてください。

休み始めたらやっておきたいこと

1. 診断書に書かれた療養の期間を控え、人事担当に病気休暇を申し出る
2. 病気休暇の90日がいつ終わるかを、人事担当と一緒に数えておく
3. 仕事や通勤が原因かどうかで扱いが大きく変わるので、心当たりがあれば早めに伝える
4. 共済組合に、傷病手当金の申請の方法と、給料との調整を聞く
5. 休職になるなら、辞令で期間と給料の割合を確かめる
6. 休職が1年を超えたときの収入を、手当金の額で見積もっておく
7. 地方公務員なら、例規集で休職者の給与の条を確かめる

ボーナスの扱いが気になる人は、公務員のボーナスは退職日で変わる？も読んでみてください。
休職中に退職する場合の期末手当に触れています。

まとめ

1. 長く休むときは病気休暇 → 休職の順に扱いが変わる
2. 病気休暇は給料満額。ただし原則連続90日まで
3. 休職の1年目は80%まで出せる。2年目以降は無給
4. 休職は最長3年
5. 給料が減った分は傷病手当金（3分の2・通算1年6か月）が埋める
6. 休職の月は退職金の計算で半分が差し引かれる
7. 仕事や通勤が原因なら休職中も全額
8. 地方公務員は給与条例の「休職者の給与」を確認